Formado nas categorias de base do PSTC em Londrina, Fernandinho foi adquirido pelo Atlético-PR ainda na fase juvenil, em 2002. Embora tenha passado pelo time de juniores, sua habilidade o impulsionou para o elenco profissional já em 2003, quando contava apenas 17 anos. Sua estreia na equipe ocorreu sob o comando do técnico Vadão, desempenhando a função de atacante.
Em 2005, o Atlético-PR confirmou a saída do meio-campista Fernandinho. A transação foi concretizada no início do ano, mas a confirmação oficial da venda dos direitos econômicos e a transferência dos direitos federativos para o Shakhtar Donetsk, da Ucrânia, ocorreu durante a janela de inverno do futebol brasileiro e o início da temporada europeia.
Durante sua passagem pelo Atlético, Fernandinho disputou 105 partidas e marcou 21 gols de 2002 a 2005. Sua última partida com a camisa rubro-negra foi na final da Taça Libertadores da América contra o São Paulo.
Quanto custou a transação?
Embora o valor da transação com o Shakhtar não tenha sido oficialmente divulgado, especula-se que a quantia gire em torno de 8 milhões de euros. Com essa negociação, Fernandinho reunirá forças novamente com o amigo Jadson, seu companheiro também no PSTC e no Furacão.
Quando retornou ao clube em junho de 2022, Fernandinho, durante sua apresentação, recebeu a camisa 5 e expressou claramente que estava realizando um sonho ao regressar ao Athletico. Além disso, indicou sua intenção de encerrar a carreira no clube.
“Sem dúvida estou realizando um desejo pessoal, um sonho de voltar a vestir a camisa do Athletico. Estabelecer uma marca que encerrarei minha carreira jogando por apenas três clubes: dois na Europa e um no Brasil.”